《秦时明月之万里长城》作为中国首部3D动画连续剧《秦时明月》系列的第四部作品，延续了前几季的故事主线，继续讲述秦朝时期江湖与宫廷之间的恩怨情仇。故事围绕墨家、儒家等诸子百家的思想碰撞展开，以荆天明、高月和盖聂等人的冒险经历为主线。
在这一季中，盖聂携带着昏迷不醒的荆天明来到墨家机关城寻求治疗。与此同时，秦国大将军王翦率领百万大军围攻墨家据点，试图摧毁这个反抗秦王朝的重要基地。墨家首领端木蓉利用自身医术为天明诊治，并且与盖聂并肩作战抵御强敌。
随着剧情发展，阴阳家神秘力量逐渐显现，其首领东皇太一展现出了超凡脱俗的实力。阴阳家不仅操控着自然元素，还掌握着远古秘术，成为横亘在主角们面前的强大对手。而流沙组织也悄然介入其中，卫庄与赤练等人暗中策划着自己的计划。
整部动画通过精美的画面设计和紧凑的情节安排，展现了战国末年复杂的社会背景以及各派势力之间的微妙关系。同时，《秦时明月》系列始终坚持将传统文化融入现代叙事手法之中，在弘扬中华优秀传统文化方面做出了积极贡献。
